Đan viện Fontenay được thành lập năm 1119 bởi Bernard de Clairvaux và được Giáo hoàng Eugene III làm phép thành năm 1147. Thời gian 200 năm sau đó là giai đoạn rất phát triển của đan viện khi các giáo sĩ phát triển việc luyện kim và khi vua Louis IX quyết định miễn hết mọi loại thuế cho đan viện vào năm 1259. Năm 1269, Fontenay trở thành đan viện hoàng gia và tiếp tục được các vua Jean II, Charles VIII và Louis XII dành cho nhiều ưu đãi. Từ thế kỉ 14 thì đan viện bắt đầu suy tàn vì chiến tranh và sự thay đổi chính sách của hoàng gia đối với giới tăng lữ.

Đến thế kỉ 18 thì đan viện gần như lụi tàn và vào năm 1791 các đan sĩ đã phải bán lại đan viện cùng toàn bộ phần đất của nó với giá 78.000 franc cho Claude Hugot để ông này biến nó thành một xưởng làm giấy trong gần một thế kỉ. Năm 1820, đan viện trở thành tài sản của Élie de Montgolfier và đến năm 1906 thì được Édouard Aynard, một chủ ngân hàng người Lyon mua lại. Trong khoảng thời gian từ 1905 đến 1911 các tòa nhà của Fontenay được tu sửa để lấy lại dáng vẻ thời Trung Cổ của nó, các nhà xưởng được cho phá hủy. Năm 1981 đan viện Fontenay được UNESCO đưa vào danh sách Di sản thế giới.